|
|
Průtoková cytometrie v biosystematice hmyzu
Javůrková, Jaroslava ; Šípek, Petr (vedoucí práce) ; Sadílek, David (oponent)
Velikost genomu neboli obsah DNA v buňkách je vyjadřována pomocí tzv. C-hodnoty, tj. hmotnosti DNA v jednotkách pg, respektive jako 2C-hodnoty pro obsah DNA v somatických buňkách diploidních organismů. Jednoduchou metodou využívanou mimo jiné pro zjištění velikosti genomu je průtoková cytometrie. Tato metoda se již tradičně těší veliké oblibě zejména mezi botaniky, kde je využívaná především při taxonomických a populačních studiích či pro zjišťování ploidie jednotlivých linií. Naopak velikost genomu u živočichů, respektive u hmyzu je relativně málo studována. Z více než milionu popsaných hmyzích druhů je velikost genomu známá u pouhých stovek z nich. Tato práce poskytuje informace o velikosti genomu osmdesáti osmi druhů hmyzu z vybraných řádů skupiny Polyneoptera - čtyřech druhů škvorů (Dermaptera), čtyřech druhů snovatek (Embioptera), čtrnácti druhů kudlanek (Mantodea), sedmnácti druhů strašilek (Phasmatodea), čtyřiceti šesti druhů rovnokřídlých (Orthoptera), jednoho druhu termita (Isoptera, Blattodea) a dvou druhů pošvatek (Plecoptera). Zjištěné absolutní velikosti genomů a míry jejich rozsahů byly porovnány v rámci jednotlivých řádů, v rámci skupiny Polyneoptera a srovnány s velikostmi genomů dalších taxonů hmyzu. Výsledkem práce je mimo jiné i doposud největší změřený genom u hmyzu - saranče...
|
|
|
Průtoková cytometrie v biosystematice hmyzu
Javůrková, Jaroslava ; Šípek, Petr (vedoucí práce) ; Sadílek, David (oponent)
Velikost genomu neboli obsah DNA v gametických buňkách organismů je vyjadřována pomocí C-hodnoty udávající počet párů nukleových bazí v jednotkách Mpb nebo hmotnost DNA v jednotkách pg. Jednoduchou metodou využívanou mimo jiné pro zjištění velikosti genomu je průtoková cytometrie, která se v posledních letech těší veliké oblibě zejména mezi botaniky. Studium hmyzu je v tomto směru upozaděno s ohledem na počet popsaných druhů čítající více než jeden milion ve srovnání s počtem druhů, jejichž velikost genomu je známá u pouhých stovek z nich. Tato diplomová práce si proto klade za cíl rozšířit dataset o velikosti genomů zástupců skupiny Polyneoptera, porovnat zjištěné údaje v rámci jednotlivých řádů a pomoci tak pochopit vazby velikosti genomu na evoluci a ekologii hmyzu. Tato práce poskytuje informace o velikosti genomu osmdesáti druhů hmyzu skupiny Polyneoptera. Výsledky ukázaly na doposud největší změřený genom u hmyzu - saranče Dictyophorus griseus (149,33 pg), jehož velikost genomu několikanásobně převyšuje doposud publikované výsledky. Klíčová slova: průtoková cytometrie, velikost genomu, C-hodnota, Polyneoptera
|
|
|
Vztah variability velikosti genomu a vybraných biologických charakteristik pavoukovců
Šilhavá, Veronika ; Opatová, Věra (vedoucí práce) ; Urfus, Tomáš (oponent)
Velikost genomu, nazývána také C-hodnota, vyjadřuje množství DNA obsažené v haploidní sadě chromozomů organismu. Znalost této hodnoty může být užitečná například jako ukazatel technické a finanční náročnosti projektů zahrnujících genomové sekvenování, nebo může být využívána k taxonomickým účelům. Velikost genomu dosahuje velké variability napříč celou živočišnou říší. S variabilitou se setkáváme i mezi pavoukovci, a to i v rámci druhů stejného rodu. Doposud však nebyla zkoumána souvislost mezi velikostí genomu pavoukovců a jejich biologickými charakteristikami. V této práci byly shromážděny data o velikosti genomu jednotlivých řádů pavoukovců a jejich biologické charakteristiky, tyto údaje byly následně vymapovány na fylogenetické stromy. Velikosti genomu by u jednotlivých řádů pavoukovců mohly souviset s velikostí těla, délkou života a případně ekologií (typ sítě, úkrytu). Vzhledem k celkové diverzitě pavoukovců jsou však data o velikosti genomu k dispozici jen pro velmi málo druhů, což značně znesnadňuje jejich interpretaci.
|
|
|
Evoluce velikosti genomu v čeledi Zingiberaceae
Pospíšilová, Monika ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Kolář, Filip (oponent)
Cílem této práce je zhodnotit dosavadní poznatky o evoluci velikosti genomu a podrobněji se věnovat jeho studiu ve fylogenetickém kontextu. U krytosemenných rostlin nacházíme široké rozpětí C-hodnot (1C = 0,63 pg ? 1C = 127,4 pg), ovšem s modální hodnotou rovnou 0,6 pg. O mechanismech a charakteru evoluce velikosti rostlinného genomu stále nevíme mnoho, ale každým rokem se cíli úspěšně přibližujeme. Existují již desítky prací zabývající se dynamikou velikosti genomu menší taxonomické skupiny a na čtyřech z nich demonstruji možné přístupy. Studium v rámci vyšších taxonomických skupin, jako jsou čeledi, je obtížné a o to cennější. Již započal výzkum evoluce velikosti genomu v čeledi Zingiberaceae, jehož součástí by se měla stát i má diplomová práce zabývající se tribem Globbeae.
|
|
|
Evoluce velikosti genomu v rodě Globba (Zingiberaceae)
Pospíšilová, Monika ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Zedek, František (oponent)
Variabilita velikosti genomu dosahuje u rostlin několika řádů i v rámci poměrně příbuzných skupin. Studiem velikosti genomu ve fylogenetickém kontextu je dosahováno zajímavých výsledků charakterizující evoluci jednotlivých skupin rostlin. V tomto směru doposud nebyly zkoumány tropické rostliny. Tropický rod Globba (cca 100 druhů) patří do ekonomicky významné čeledi Zingiberaceae. Centrum diverzity rodu se nachází v Thajsku, ale rozšíření sahá od východní Indie a jižní Číny až po Indonésii a Filipíny. Jedná se o polyploidní komplex s výskytem dvou cytotypů v rámci jednoho druhu (2n = 32 a 2n = 48) charakteristickým minimálně ve třech ze sedmi rozlišovaných sekcí. Cílem této práce byla rekonstrukce fylogeneze skupiny, zjištění role polyploidie a zhodnocení evoluce velikosti genomu rodu Globba ve fylogenetickém kontextu, k čemuž bylo využito moderních biosystematických metod (průtoková cytometrie, počítání chromozómů, sekvenování jaderných a chloroplastových DNA úseků). Ke zpracování a vyhodnocení dat bylo použito četných softwarů a statistických metod. Velikost genomu byla v této skupině měřena poprvé. Z 87 jedinců byla nejmenší velikost genomu naměřena u druhu Globba nuda (2C = 1,11 pg). Největší velikost genomu byla zjištěna u druhu Globba sp. E20110277 (2C = 3,84 pg). Průměrná hodnota činila 2C =...
|
|
|
Genome size studies in plants - from intraspecific variation to ecological consequences
Lučanová, Magdalena ; Trávníček, Pavel (vedoucí práce) ; Leitch, Ilia (oponent) ; Šmarda, Petr (oponent)
Velikost genomu je jednou ze základních charakteristik živých organizmů. U krytosemenných rostlin dosahuje rozsahu pěti řádů, což vždy fascinovalo vědce a vyvolávalo mnoho otázek. Tato práce se zabývá různými aspekty velikosti genomu u rostlin. Počínaje detailním studiem na homoploidní vnitrodruhové úrovni, přes studium ploidně variabilních druhů až po srovnávání velikosti genomu mezi druhy, jsme se snažili zjistit, jaký vztah má velikost genomu k biologickým vlastnostem rostlin, stanovit dynamiku a rozsah variability velikosti genomu a detekovat dosah velikosti genomu až do úrovně ekologické a evoluční. Stěžejní metodou stanovení velikosti genomu v celé práci je průtoková cytometrie (FCM). U druhu Taraxacum stenocephalum vykazujícího extrémní variabilitu velikosti genomu jsme provedli opylovací experiment, kde jsme křížili rodiče s různou velikostí genomu. Porovnali jsme velikost genomu rodičů a F1 generace. U potomků jsme také sledovali souvislost velikosti genomu a růstových charakteristik. U ploidně variabilních druhů Galium valdepilosum a Arabidopsis arenosa jsme se zabývali rozšířením zjištěných cytotypů a jejich ekologickými nároky. Na souboru druhů andského rodu Lasiocephalus jsme studovali relativní i absolutní velikost genomu, provedli jsme ITS sekvenování a otestovali možné hlavní...
|
|
|
Genome size studies in plants - from intraspecific variation to ecological consequences
Lučanová, Magdalena
Velikost genomu je jednou ze základních charakteristik živých organizmů. U krytosemenných rostlin dosahuje rozsahu pěti řádů, což vždy fascinovalo vědce a vyvolávalo mnoho otázek. Tato práce se zabývá různými aspekty velikosti genomu u rostlin. Počínaje detailním studiem na homoploidní vnitrodruhové úrovni, přes studium ploidně variabilních druhů až po srovnávání velikosti genomu mezi druhy, jsme se snažili zjistit, jaký vztah má velikost genomu k biologickým vlastnostem rostlin, stanovit dynamiku a rozsah variability velikosti genomu a detekovat dosah velikosti genomu až do úrovně ekologické a evoluční. Stěžejní metodou stanovení velikosti genomu v celé práci je průtoková cytometrie (FCM). U druhu Taraxacum stenocephalum vykazujícího extrémní variabilitu velikosti genomu jsme provedli opylovací experiment, kde jsme křížili rodiče s různou velikostí genomu. Porovnali jsme velikost genomu rodičů a F1 generace. U potomků jsme také sledovali souvislost velikosti genomu a růstových charakteristik. U ploidně variabilních druhů Galium valdepilosum a Arabidopsis arenosa jsme se zabývali rozšířením zjištěných cytotypů a jejich ekologickými nároky. Na souboru druhů andského rodu Lasiocephalus jsme studovali relativní i absolutní velikost genomu, provedli jsme ITS sekvenování a otestovali možné hlavní...
|
|
|
Velikost genomu v evoluci švábů
Stuchlíková, Magdalena ; Janšta, Petr (vedoucí práce) ; Vít, Petr (oponent)
Velikost genomu nebo také obsah jaderné DNA je vlastnost, která se nesmírně liší napříč živými organismy, přičemž neexistuje vztah mezi velikostí genomu a komplexitou organismu. Udávána je obvykle jako tzv. C-hodnota buď v počtech párů bází nebo jako hmotnost DNA v pikogramech. Soubor nevyřešených otázek ohledně mechanismů ovlivňujících velikost genomu a vztahů velikosti genomu s dalšími vlastnostmi organismů je znám také jako C-value enigma. Je známo, že velikost genomu pozitivně koreluje s velikostí buněk a negativně s rychlostí vývoje a dělení buněk. U holometabolního hmyzu byla také navržena maximální hranice haploidní velikosti genomu 2 pg. Přestože je dnes popsán přibližně jeden milion druhů hmyzu, velikost genomu je známá jen pro pouhý zlomek z nich. Tato práce si proto klade za cíl rozšířit dataset dosud známých velikostí genomu hmyzu o co největší počet druhů švábů (Blattodea). Dalším cílem je pak porovnat výsledky se známou fylogenezí a také porovnat rozdíl velikosti genomu mezi pohlavími. Pro stanovení velikosti genomu byla využita průtoková cytometrie, což je rychlá, jednoduchá a efektivní metoda, vhodná také ke studiu ploidie a dalších buněčných vlastností.
|
|
|
Studium velikosti genomu u protist
Lukeš, Jiří ; Čertnerová, Dora (vedoucí práce) ; Veselská, Tereza (oponent)
Tato bakalářská práce představuje současné poznání velikosti genomu u protist se zaměřením na popis a srovnání jednotlivých metod, které byly k řešení dané problematiky použité. Velikost genomu je znak charakteristický pro všechny živé organismy a zmíněny jsou i další fyziologické znaky, které s velikostí genomu souvisí. Z metod je největší důraz kladen na průtokovou cytometrii, která je považována za spolehlivou a v současnosti poskytuje nejvíce dat o velikosti protistních genomů. Krom průtokové cytometrie je zmíněn přínos celogenomového sekvenování k poznání velikosti protistních genomů. Problémy se stanovením velikosti protistních genomů pak vyplývají z heterogenity protist jako studované skupiny a z nesjednocených postupů v rámci jednotlivých metod, které ztěžují případné porovnávání. Protista jsou v rámci práce hodnocené jako nedostatečně prostudovaná skupina, v rámci, které variuje velikost genomu přibližně 200 000×. V závěru práce je věnován prostor pro popis současných poznatků o velikosti genomu relativně prostudovaných skupin portist. Klíčová slova: velikost genomu, C-hodnota, protista, průtoková cytometrie, celogenomové sekvenování, pulzní gelová elektroforéza, Feulgenova denzitometrie, mikrospektrofotometrie
|
|
|
Genome size studies in plants - from intraspecific variation to ecological consequences
Lučanová, Magdalena
Velikost genomu je jednou ze základních charakteristik živých organizmů. U krytosemenných rostlin dosahuje rozsahu pěti řádů, což vždy fascinovalo vědce a vyvolávalo mnoho otázek. Tato práce se zabývá různými aspekty velikosti genomu u rostlin. Počínaje detailním studiem na homoploidní vnitrodruhové úrovni, přes studium ploidně variabilních druhů až po srovnávání velikosti genomu mezi druhy, jsme se snažili zjistit, jaký vztah má velikost genomu k biologickým vlastnostem rostlin, stanovit dynamiku a rozsah variability velikosti genomu a detekovat dosah velikosti genomu až do úrovně ekologické a evoluční. Stěžejní metodou stanovení velikosti genomu v celé práci je průtoková cytometrie (FCM). U druhu Taraxacum stenocephalum vykazujícího extrémní variabilitu velikosti genomu jsme provedli opylovací experiment, kde jsme křížili rodiče s různou velikostí genomu. Porovnali jsme velikost genomu rodičů a F1 generace. U potomků jsme také sledovali souvislost velikosti genomu a růstových charakteristik. U ploidně variabilních druhů Galium valdepilosum a Arabidopsis arenosa jsme se zabývali rozšířením zjištěných cytotypů a jejich ekologickými nároky. Na souboru druhů andského rodu Lasiocephalus jsme studovali relativní i absolutní velikost genomu, provedli jsme ITS sekvenování a otestovali možné hlavní...
|
host ::
RSS.